دفتر رسیدگی به شکایات واقع در طبقه 2 و زیر نظر معاونت درمان می باشد. که مراجعین به طور حضوری می توانند جهت ارائه شکایات به این دفتر مراجعه نمایند. البته  شکایات میتواند به صورت حضوری یا مکاتبهای  نیز صورت گیرد. در راهروهای بیمارستان صندوقهایی تعبیه شده که در آنها برگه های کد داری وجود دارد و مراجعین میتوانند متن شکایت خود را در برگه نوشته و کد روی آن را نزد خود نگه دارند و برگه را در صندوق بیاندازند این برگه ها در صورت اورژانسی نبودن ماهی یک بار در کمیته شکایات بیمارستان مورد بررسی و پی گیری قرار می گیرد.

پرونده مورد شکایات بر حسب موضوع به معاونت های ذیربط  ارجاع گردیده و نتیجه بررسی در کمیته شکایات بررسی و اقدامات اصلاحی اتخاذ می گردد. و گاهی نیز بنا به  ایجاب ضرورت کمیسیون های ویژه  پزشکی جهت بررسی شکایات  تشکیل می گردد.
 علاوه بر این در کنار صندوق شکایات، صندوق تقدیر و پیشنهادات وجود دارد که افراد در صورتی که بخواهند مراتب تشکر و قدردانی خود را نسبت به پرسنل درمان ابراز دارند از آن استفاده می کنند.